在农村常见的鸡粪、猪粪、牛粪、羊粪等富含氮、磷、钾等养分，而且还富含有机质。这些粪便是改良土壤，肥沃土壤的优质有机肥资源。但是，如果直接使用新鲜粪便的话，会产生伤根、病害、草害等不良影响。

很多苗农会选择传统的方法，自然堆沤发酵这些粪便，但是传统方法中存在不可避免的负面影响。

传统的堆沤发酵粪便，堆沤时间长，一般需要4-6个月，如果气温比较低，那么堆沤的时间更长，而且发酵的效果十分不理想；堆沤需要长时间占据一块地方，对周围的环境也会造成一定的污染，特别是高温季节，堆沤制造出的气味很难闻；堆沤的粪便呈湿烂状，还会散发恶臭，运输起来很困难，而且自然堆沤发酵的粪便里面藏着病原菌和虫卵等有害物质，如果施加于苗木，会影响苗木的生长。

除了自然堆沤发酵，还有一种更好的发酵家畜粪便的方法就是发酵剂发酵。

发酵剂中含有大量的功能性菌群，如光合细菌、酵母菌、乳酸菌等，这些菌群还有代谢产物，这些代谢产物能够起到加速分解转化粪便物质的作用，提高粪便发酵转化率，缩短发酵时间，提高发酵效果，减少甚至消除粪便在发酵过程中散发恶臭的问题，也能够有效减少环境污染问题，重要的是益生菌能够杀死或者抑制粪便中病原菌和虫卵的生长和繁殖，可以说是百利无害。

九一畜禽粪便发酵剂是由双岐杆菌、乳酸菌、芽孢杆菌、光合细菌、酵母菌、放线菌、醋酸菌等菌种，经特殊工艺复配而成的高效复合微生物菌种。适用于各种农家肥的发酵腐熟，包括鸡粪、猪粪、牛粪、羊粪、马粪、兔子粪便、鸽子粪便等动物粪便，及农田有机固体废弃物、农场有机固体废弃物如秸秆等。

经过微生物有机肥发酵菌腐熟发酵的农家肥可以改善土壤结构，农家肥中含有丰富的腐殖酸，能促进土壤团粒结构的形成，使土壤变得松软，改善土壤水分和空气条件，利于根系生长；增加土壤保肥保水性能；还能提高地温，促进土壤中有益微生物的活动和繁殖。